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建立miRNA基因叢集預測自動化平台

 

2010.01

 

研究背景

研究動機目的

研究流程概念

研究結果

相關程式下載

相關網頁連結

 

 

整體概念流程請見(圖五)

文字方塊:  
圖 一:研究概念流程

1. 選定資料:在已知的miRNA基因叢集中,選擇一個miRNA的基因。

該基因需要有一個以上與距離不超過6000bp的鄰近miRNAs

 

2. UCSC下載:擷取上下游各6000bp

 

3. sliding_windows-miRNA_prediction(圖六)

把下載下來的序列,每次向右位移3nt,擷取長度100nt

為一條miRNA片段,切出約2000條的miRNA序列。

 

     4. RNAFold第一次二維結構摺疊。

 

     5. 人類pre-miRNA預測程式:

進行接下來的過濾篩選A門檻、第二次RNAFoldB門檻、

blastn序列比對、C門檻等步驟。程式附有miRNA繪圖功能。

 

文字方塊: VB繪圖功能-配對方法
…(((…)…(…)…((…))…)…)…(…)…
Step 1 .	從字串尾端找(
Step 2 .	從找到的)左方尋找其配對的(:
	(Tip:從最近的開始找)
	預設變數a=0
	當a=0,	找到最近的(,則該(即為所求。
		當找到(前,遇到)時,則a++。
	當a≠0,	遇到(時,則a--。

 

人類pre-miRNA預測程式流程圖請見(圖七)

 

     6. 輸出資料到資料庫、存檔成.fasta.out檔以供查看結果。

 

     7. 實驗數據分析,把相關數據統一整理放到網頁上。

    

  以上步驟第23456項已經彙整到人類pre-miRNA預測程式中。